O Instituto Socioambiental (ISA) é uma associação sem fins lucrativos, qualificada como Organização da Sociedade Civil de Interesse Público (Oscip), desde 21 de setembro de 2001. Fundado em 22 de abril de 1994, o ISA incorporou o patrimônio material e imaterial de 15 anos de experiência do Programa Povos Indígenas no Brasil do Centro Ecumênico de Documentação e Informação (PIB/CEDI) e o Núcleo de Direitos Indígenas (NDI) de Brasília. Ambas, organizações de atuação reconhecida nas questões dos direitos indígenas no Brasil.

No final dos anos 1980, uma série de fatos e processos marcaram um período de intensas interações entre diferentes segmentos organizados da sociedade civil brasileira, nas vertentes sociais e ambientais: o processo de formulação e aprovação dos direitos sociais coletivos e do meio ambiente na Constituição Federal (1987/88); a campanha da Aliança dos Povos da Floresta (1989); o Encontro dos Índios em Altamira (Pará) para protestar contra um grande plano oficial de aproveitamento hidrelétrico da Bacia do rio Xingu (1989) e a formação do Fórum Brasileiro de ONGs, Movimentos Sociais Preparatório para a Rio 92 (1990) e a própria Conferência das Nações Unidas (1992).

As pessoas que se juntaram para formular, fundar e implantar o Instituto Socioambiental, entre 1993 e 1995, tiveram participação decisiva e destacada na idealização e implementação dos processos acima mencionados.