Eles se auto-denominam Aikanã e chamam sua língua pelo mesmo nome. No entanto, são referidos por outros nomes na literatura existente. A referência mais antiga a eles feita com este nome é de Becker-Donner (1955:275-343, apud Cestmír Loukotka, 1968:163) em que os Aikanã são chamados de “Masaca ou Aicana”. Outro registro interessante é de Erland Nordenskiöld (apud Voort 2000), de 1915. De acordo com Voort, este etnógrafo foi o primeiro pesquisador a fotografar e a registrar a primeira lista de palavras da língua dos Aikanã, aos quais ele chamou de ‘Huari’. Outros nomes que este povo recebeu foram Corumbiara, Kasupá, Mundé e, por fim, Tubarão (Rodrigues, 1986:94).

Apesar das palavras Mundé e Mondé serem comumente usadas como nomes próprios masculino entre os Aikanã, eles não atribuem significado especial a este vocábulo. Existe um outro nome, Winzankyi, mencionado pelo ex-cacique Luíz Aikanã, que também se referiria ao povo Aikanã. Porém, não há consenso entre eles sobre tal denominação.

Embora o nome deste povo tenha sido grafado na literatura como ‘Aicana’, ‘Aikana’ ou ‘Aikaná’, a pronúncia dos próprios falantes é com a última vogal nasalizada: ‘Aikanã’.

A respeito das denominações dos Aikanã, observe-se que Huari não deve ser confundido com Wari (ou Orowari), que diz respeito aos Pacaás-novos, da família Txapakura. Veja-se tambem que, apesar da semelhança no registro dos nomes Mundé e Mondé, tais termos não estão aqui associados à família linguística Mondé, do Troco Tupi.