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De acordo com as fontes históricas e seus próprios relatos, os Aparai e Wayana têm origens distintas. Os primeiros são provenientes da margem sul do rio Amazonas, tendo migrado até a região dos baixos e médios cursos dos rios Curuá, Maicuru, Jari e Paru de Leste, e de lá até a sua área de ocupação atual. Os Wayana, por sua vez, ocuparam por muito tempo a região do alto e médio curso do rio Paru de Leste, seu afluente Citaré, o alto rio Jari, além dos rios Litani, Paloemeu e afluentes.

No século XVI, os Aparai ocupavam a margem direita do rio Amazonas, ao sul, e, à sudoeste, pela região onde hoje estão as cidades de Macapá e Belém. Outros grupos, posteriormente assimilados, viviam não muito longe do rio Amazonas, na região dos baixos rios Paru de Leste e Jari.

No final do século XVII, os Aparai teriam mantido relações com os grupos Apama e Aracaju, possivelmente de língua tupi e habitantes das proximidades de Almerim, reduzidos à Missão do Paru, pouco a pouco integrados à população local. Um pequeno grupo Apama teria conseguido isolar-se na região do Maicuru até a década de 1960, mantendo relações estreitas de troca e intercasamento com os Aparai.
Em meados do século XVIII, são mencionados pelas fontes históricas assentamentos Wayana no médio rio Maroni, embora a maior parte da população se encontrasse ainda em território português, delimitado ao sul e a oeste, pelo rio Citaré, ao norte, pelo igarapé Matawaré (no alto rio Paru de Leste) e a leste pelo alto rio Jari e tributários. O território dos Aparai, por sua vez, ocupava a região contígua ao sul, abaixo do rio Citaré, nos cursos médios e baixos dos rios Paru, Curuá, Cuminá, Maicuru e Jari. Este período foi marcado pelo acirramento das relações de intercâmbios, guerras e intercasamentos entre os povos indígenas da região. Destacam-se os conflitos entre os Aparai e Wayana, nos médios cursos dos rios Paru e Jari; entre os Wayana e Tiriyó, ao norte destes rios; e entre os Wayana e Wajãpi, a leste, nas regiões limítrofes dos territórios destes dois grupos.

Na década de 1950, os Aparai encontravam-se ainda distribuídos pelos rios Paru de Leste, Jari, Maicuru e alto Curuá do Alenquer; ao passo que os Wayana ocupavam os médios e altos cursos dos rios Paru de Leste e Jari, além dos rios Litani (Guiana Francesa) e Paloemeu (Suriname). Até 1960, havia alguns assentamentos próximos à região de Anatum, na confluência do igarapé Mopecu com o baixo Paru de Leste. Em 1984, apenas uma aldeia Aparai situava-se próxima à confluência dos rios Jari e Ipitinga.

Hoje, os Aparai e Wayana estão distribuídos em três grupos territoriais definidos pelos eixos fluviais do rio Paru de Leste, no Brasil, do rio Marouni, na Guiana Francesa e do rio Tapanahoni no Suriname. Enquanto a grande maioria dos Aparai se encontra em território brasileiro, os Wayana também se distribuem pela Guiana Francesa e Suriname. Essa configuração em três conjuntos territoriais distintos é resultado de sua longa história de contato com não-índios, marcada por migrações, processos de fissão e fusão com outros povos indígenas. De qualquer modo, a distância espacial não representa um obstáculo para a interação entre esses conjuntos territoriais, que se dá, fundamentalmente, com base em laços de parentesco e de parcerias formais de troca.

No Brasil, os Wayana e Aparai distribuem-se por cerca de dezesseis aldeias, todas elas situadas no alto e médio curso do rio Paru de Leste, dentro do Parque Indígena do Tumucumaque e da Terra Indígena Rio Paru D'Este. Essas duas áreas indígenas contíguas abrangem cerca de 4.266.852 ha no norte do Pará, abrigando também grupos tiriyó, kaxuyana, akuriyó e wajãpi, entre outros. Embora criados em épocas diferentes, o PI Tumucumaque e a TI Rio Paru D'Este foram demarcados e homologados em 1997, por meio de Decreto s/ n , publicado no Diário Oficial da União, em 04 de novembro daquele ano.