Vivem no estado de Mato Grosso, nas Terras Indígenas Bakairi (61.405,5905 hectares) e Santana (35.479,7443 hectares). Em ambas predomina o cerrado.
Santana situa-se no município de Nobres e tem o seu nome emprestado de um afluente do Rio Novo que, desenhando parte dos seus limites, desce em busca do Arinos, tributário do Juruena, afluente do Tapajós.

A Terra Indígena Bakairi, na sua quase totalidade, localiza-se no município de Paranatinga, à margem direita do rio Paranatinga ou Telles Pires, afluente do Tapajós. Uma parte dela situa-se no município de Planalto da Serra, à margem esquerda daquele rio. Nas suas vizinhanças encontram-se o morro do Urubu, do Daniel e parte da Serra Azul.

Juridicamente, ambas se encontram regularizadas: homologadas e registradas no Serviço de Patrimônio da União e no Cartório de Registro de Imóveis.
Os centros urbanos que mais influências exercem na vida dos Bakairi são Nobres, Paranatinga e Cuiabá, a capital do estado.