Com a intensificação da colonização no Rio Negro, na segunda metade do século XVIII, doenças introduzidas pelos brancos começaram a espalhar a morte entre os Baniwa. Apesar da impossibilidade de se fazer estimativas, os registros mencionam várias epidemias graves de sarampo e varíola nas décadas de 1740 e 1780. O seu efeito, aliado à deterioração geral das condições de vida e ao abastecimento garantido de mercadorias pelos "brancos", convenceu muitos Baniwa a deixarem suas terras e irem para as cidades coloniais recém-fundadas no Baixo Rio Negro. Ali trabalhariam para os brancos na agricultura, no Serviço Real e na coleta de produtos da floresta. Quando não era possível persuadir os que ficaram em suas terras, os militares portugueses - às vezes aliados a outros povos aruak, como os Baré - recorriam à força. Há vários casos registrados de "descimentos" na década de 1780 com ataques armados a aldeias baniwa, aos quais os índios resistiam, o que lhes valeu a reputação de "belicosos".

A permanência dos índios nas cidades coloniais era, em geral, temporária, pois as vilas coloniais do final do século XVIII eram constantemente assoladas por doenças, sofriam grandes perdas demográficas e freqüentes deserções por parte dos índios descidos das regiões dos altos rios. Os Baniwa estavam entre os que constantemente desertavam. Os que permaneceram nas vilas coloniais foram assimilados à população branca ou cabocla.

Ao final do século XVIII, as colônias portuguesas e espanholas atravessaram um período de desorganização que permitiu aos povos nativos recuperar-se parcialmente das perdas sofridas e se reorganizar. Dentre eles, estavam os Baniwa que retornaram às suas terras nesse momento e procuraram reconstruir sua sociedade. Mas não tiveram trégua: por volta de 1830, os comerciantes brancos voltaram ao Alto Rio Negro. Muitos eram caboclos que viveram durante longos períodos nas aldeias indígenas e eram aliados úteis dos militares dos fortes de São Gabriel e Marabitanas, no Alto Rio Negro, na arregimentação de mão-de-obra indígena para o Serviço Real, indústria e extração de produtos da floresta ou serviços domésticos nas casas das famílias da elite de Manaus. O que os militares precisassem os comerciantes faziam em troca da proteção ao seu negócio. Houve também vários casos registrados de militares que tinham seu próprio comércio ou se tornaram comerciantes ao deixar o Exército. O naturalista Alfred Russell Wallace, que visitou a região na metade do século, menciona casos de ex-soldados que se tornaram comerciantes no Içana e continuaram recebendo auxílio e proteção do comandante de Marabitanas em troca de forçar índios Baniwa a trabalhar para eles na coleta de salsaparilha. Os Baniwa foram muito prejudicados por esse sistema, embora sempre que possível se mantivessem longe dos brancos.

A crescente resistência à dominação branca entre os índios do Alto Rio Negro culminou numa série de movimentos messiânicos entre os Baniwa, Tukano e Warekena, desencadeados a partir de 1857. Surgiram as figuras dos profetas baniwa, que instituíram uma nova forma de organização religiosa chamada "o canto da cruz", ou "a religião da cruz", que perdurou até o início do século XX e cuja memória ainda se mantém viva em certas partes da região. O sistema simbólico acionado neste e em outros movimentos posteriores consistiram em um entrelaçamento intencional de determinados símbolos cristãos com os temas e preocupações subjacentes da religião baniwa: a cruz e o açoite como símbolos de sofrimento ritual; as festas dos dias-de-santo e as danças sagradas do herói cultural, Kuwai, como símbolos de purificação; e as figuras de Cristo Salvador e Nhiãperikuli/Kuwai/pajé poderoso como símbolos de salvação e imortalidade.

O primeiro movimento messiânico foi liderado por Venancio Anizetto Kamiko, um Baniwa da fratria Dzauinai, do alto Guainía, o mais famoso entre todos os profetas desde meados do século XIX até sua morte em 1903. Segundo as fontes escritas, ele realizava grandes cerimônias entre as comunidades do Içana em que ele pregava, na presença de uma cruz. Sofria de catalepsia e, durante os ataques da doença, dizia que ele morria, viajava ao céu, onde comunicava com Deus, que lhe deu ordens de perdoar as dívidas dos índios aos comerciantes brancos. Atraiu um grande contingente de seguidores que acreditava em seus poderes e que ele era emissário de Deus. Logo, chegou a um momento em que ele profetizava a destruição do mundo por um grande incêndio do qual seriam salvos somente os Baniwa do Içana que dançavam em rodas, dia e noite, cantando a música dos ritos de iniciação. Segundo as fontes orais que os Baniwa e outros povos do Alto Rio Negro contam até hoje, Kamiko pregava a observância rigorosa do jejum, rezas cerimoniais e a total evitação de relações sociais e econômicas com os brancos (militares), como meios de se obter a salvação no paraíso prometido. As narrativas contam que ele pregava também contra a bruxaria e feitiçaria nas comunidades Baniwa, pois ele procurava instalar uma nova ordem moral entre os seus seguidores.

Outros líderes proféticos, discípulos do Kamiko - como Alexandre, que atuava mais no rio Uaupés -, pregavam a inversão da ordem sócio-econômica existente, após a qual os brancos serviriam aos índios em compensação para o tempo em que os índios ficavam dominados pelos brancos. Todas as narrativas orais relativas a esse tempo deixam claro que os messias colocavam seu poder e conhecimento contra a repressão dos brancos e que a chave para a sua sobrevivência estava na autonomia em relação à influência devastadora do contato. Mas com a repressão militar a esses movimentos, os messias e seus seguidores não tiveram outra escolha senão refugiar-se em áreas inacessíveis. Em seguida, muitos Baniwa se recusaram a obedecer às ordens dos militares para retornar aos assentamentos ribeirinhos; embora outros obedeceram com relutância. Os messias continuaram, no entanto, gozando de grande influência por toda a segunda metade do século XIX e durante as primeiras décadas do XX, fazendo suas curas e aconselhando os índios que vinham visitá-los de todos os cantos da região.

Na década de 1870, o boom da borracha havia atingido o Alto Rio Negro. Os patrões locais que trabalhavam para grandes empresas de exportação de borracha, tais como J.G. Araújo de Manaus, tomaram o controle de terras e recursos naturais de vastas áreas da região, explorando-as com seus exércitos de seringueiros. O Içana e seus afluentes ficaram sob o controle de um comerciante espanhol, Dom Germano Garrido y Otero, seus irmãos e seus filhos, que controlaram a região por mais de 50 anos. Garrido instalou uma espécie de sistema feudal, aparentemente com centenas de Baniwa a seu serviço. Colocou seus filhos e colaboradores como "Delegados dos Índios" em aldeias estratégicas, manipulou relações sociais de compadrio e casamento com os índios, manteve um abastecimento regular de mercadorias, controlou o comércio no Içana e submeteu ao endividamento um número de índios suficiente para servir de exemplo.

Os Baniwa se lembram de Garrido como o patrão mais poderoso de seu tempo, e também do terror e da perseguição dos militares do Forte de Cucuí que, na virada do século, caçavam os índios do Içana e Uaupés para servir de armadores, invadiam malocas, roubavam produtos comerciais dos índios, enganavam trabalhadores indígenas e também faziam contrabando. À semelhança dos seringueiros colombianos no Uaupés dessa época, os militares eram temidos, como comprovam os registros de aldeias inteiras buscando refúgio em áreas inacessíveis ou fugindo logo que viam surgir um branco. Embora a criação de missões salesianas, a partir de 1914, e de postos do SPI (Serviço de Proteção aos Índios), a partir de 1919, tenha ajudado a controlar a situação, parece ter tido efeitos mínimos no Içana, pelo menos, no início. O regime extrativista continuava em operação, intensificando-se durante a Segunda Guerra Mundial.

As narrativas baniwa sobre essa época são repletas da violência, fugas e terror que marcavam as suas vidas. No entanto, nos anos 20 e 30, surgiu um outro profeta chamado Uétsu do sib Adzanene, no Alto Guaínia, filho de Kamiko, que novamente fizera campanha contra a bruxaria entre as comunidades Baniwa para restabelecer a ordem moral e a felicidade. Conta a história que Uétsu teve poderes iguais ao pai, liderando um grande movimento, realizando festas e consolidando um grupo de discípulos que o considerava como "rei". Comunicava-se com as almas dos mortos e com Deus, que lhe avisou de eventos que iam acontecer. Foi morto pelos seus inimigos; no entanto, os descendentes dos seus discípulos continuam até hoje visitando o seu túmulo para lhe pedir proteção.

Logo após a morte de Uétsu, apareceu entre os Baniwa, no final da década de 1940, Sophie Müller, uma missionária fundamentalista norte-americana da Missão Novas Tribos, pregando o protestantismo evangélico e, desse modo, reativando as esperanças milenárias entre os índios. Ela iniciou a sua evangelização entre os Kuripako na Colômbia, estendendo esse trabalho entre os Baniwa do Içana em 1949 e 1950. Pelo menos no início, a conversão dos Baniwa ao evangelismo tinha todos os sinais de uma continuação do movimento iniciado por Uétsu. Muitos Baniwa consideravam Müller como um messias, vinham de todos os lados para ouvir a sua pregação e se converter à nova fé. Em alguns aspectos, a sua missão lidava com o mesmo problema interno que lidavam os profetas: o da bruxaria, que ela identificou em inúmeros lugares. A solução que ela pregava, porém, era o abandono total da pajelança, das festas de caxiri e toda a sabedoria dos antepassados para adotar o novo modo de vida de "crente". A maior parte da população acreditava em sua mensagem milenarista, e que ela era uma emissária de Deus que vinha para anunciar "o fim do mundo".

Na mesma época em que Müller andava no Içana, padres salesianos começaram a abrir uma missão no baixo Içana, num confronto direto com o avanço do evangelismo protestante na região, criando uma situação de conflito aberto entre os seguidores da Sophie e os dos Padres. Müller foi forçada pelo SPI (Serviço de Proteção ao Índio) a sair do país em 1953; no entanto, ela manteve contato com os Baniwa do Içana, através de seus pastores e outros missionários da Missão Novas Tribos, até a sua morte no início dos anos 90. Num total, ela trabalhou mais de 40 anos entre os Kuripako do Guaínia, foi responsável pela tradução do Novo Testamento em três dialetos Baniwa, pela formação de dezenas de pastores, assim como a construção de inúmeras igrejas nas comunidades Kuripako e Baniwa. Até hoje, a população Baniwa mantém a divisão entre crentes e católicos, que corresponde aproximadamente às comunidades Walipere-dakenai e seus cunhados dos rios Içana, Cuiary e Aiary (os crentes); e os Hohodene e Dzauinai no Aiary e Baixo Içana (os católicos). Porém, a afiliação a essas duas religiões, ou a nenhuma delas, é fluida em muitas comunidades.

Durante as duas últimas décadas, os Baniwa enfrentaram uma nova onda de penetração "branca", a serviço da política de segurança nacional do Estado ou dos interesses de companhias mineradoras. A partir dos anos 1970, quando foi anunciada a construção da rodovia Perimetral Norte que atravessaria suas terras, seguida pela construção de pistas de pouso e, desde 1986, da implantação do Projeto Calha Norte, a área recebeu freqüentes visitas de comissões do alto escalão do governo federal. Agravando a situação, desde o início da década de 1980, garimpeiros e, em seguida, companhias mineradoras, protegidos pela Polícia Federal, invadiram o território baniwa, trazendo a destruição ambiental e vários casos de violência.