A vida religiosa baseia-se tradicionalmente nos grandes ciclos mitológicos e rituais relacionados aos primeiros ancestrais e simbolizados pelas flautas e trombetas sagradas, na importância central do xamanismo (pajés e rezadores, ou donos-de-canto) e em uma rica variedade de rituais de dança, chamados pudali, associados aos ciclos sazonais e ao amadurecimento de frutas.

Os rituais de iniciação tradicionalmente são celebrados na época das primeiras chuvas e amadurecimento de certas frutas, quando se tem uma turma de meninos de dez a treze anos, prontos para receber os ensinamentos sobre a natureza do mundo. É absolutamente proibido para as mulheres e os não-iniciados verem as flautas e trombetas sagradas, sob pena de morte.

O ritual tem três fases: na primeira, chamada wakapethakan, ou "nós açoitamos", o dono do ritual (o responsável pela organização de todo o trabalho e o dono da casa onde o ritual é realizado) manda os homens buscarem frutas no mato e as mulheres fazerem caxiri. Quando tudo esá pronto, no dia marcado, os homens descem para o porto onde estão escondidos as flautas e trombetas sagradas, se pintam de preto e se preparavam para a chamada. Um velho, o benzedor do ritual, fica junto com os meninos, com os olhos tapados, na porta da casa do ritual e, com um bastão na mão, chama os antepassados do sib três vezes. Na terceira vez, os homens com os instrumentos de Kuwai sobem do porto e fazem uma procissão na praça, parando em frente da casa, onde deixam os instrumentos no chão. O velho tira o pano que tapa os olhos dos meninos e os mostra os instrumentos, explicando o seu significado, as proibições de falar sobre eles, e como eles vão ficar em reclusão por um mês (hoje, umas duas semanas), até estarem prontos para sair da casa do ritual. A partir daí, os meninos ficam em reclusão, jejuando com frutas do mato, aprendendo as histórias sagradas, e - o mais importante - fazendo todo tipo de cesto.

No final do período, o dono do ritual convoca o velho e dois companheiros a realizar o ritual mais importante - o benzimento da pimenta, chamado Kalidzamai. Por uma noite inteira, os velhos entoam um cântico, enquanto os homens tocam os instrumentos e tomam caxiri, recriando - no seu pensamento - as viagens de Amaru pelo mundo inteiro com os instrumentos enquanto Nhiãperikuli e os homens a perseguiam. Nesse cântico, os velhos benzem a pimenta e o sal, que depois são servidos para os iniciandos com um pedaço de beijú. Terminado o benzimento, ao raiar o sol, os velhos entregam a pimenta benzida para o dono do ritual e ele convoca os meninos a ficar, um por um, em frente dos velhos benzedores para ouvir os conselhos deles de como viver no mundo depois de terminada a sua iniciação. Depois de dar os conselhos, o velho levanta o açoite e surra três vezes o peito do iniciando.

Terminado a fase de reclusão, começa a etapa de saída da casa, wamathuitakaruina, ou seja, a fase de reintegração na vida como adultos. Os iniciandos são pintados pelas suas mães de vermelho, e ornamentados com cocares e penas de garça. Com as peneiras de mandioca que eles fizeram durante a reclusão nas mãos, eles fazem uma fila e, ao sinal, saem da casa enquanto os homens cantam. Saem e entram três vezes e, na última vez, cada um apresenta a sua peneira para uma menina, escolhida para o ritual de saída, chamada kamarara, "como se fosse uma esposa". Nesse momento o ritual termina, em meio a muita alegria e festa, com a nova geração de adultos que a sociedade produziu.

Os rituais de iniciação para meninas, por sua vez, acontecem logo após a sua primeira menstruação. A organização do ritual é parecida com a dos meninos; as meninas, porém, geralmente são iniciadas individualmente, quando seus cabelos são cortados bem curtos - "como meninos" -, e não lhe são mostrados os instrumentos sagrados. Durante o período da reclusão, a moça aprende a fazer os ralos de mandioca (isto é, de fixar os pedaços de quartzo em desenhos geométricos na tábua já cortada pelos homens), vários tipos de cerâmica (pratos pintados especialmente), os instrumentos de fazer beiju (espanadores); alem de tudo sobre como cuidar as roças, cozinhar etc. No final do benzimento da pimenta, a moça - ornamentada e pintada como os meninos - é instruída a ficar em pé dentro de um balaio de beiju, enquanto um outro balaio ornamentado com penas de garça é colocado invertido sobre sua cabeça, simbolizando o seu status de fazedora de beiju, o pão do dia-a-dia da comunidade. Ela recebe a pimenta benzida, em seguida recebe da sua tia ou avô e do velho benzedor as instruções específicas para meninas, e depois leva surra três vezes como os meninos.

Outro importante ritual praticado tradicionalmente pelos índios da região é o pudali (dabukuri em língua geral), celebrados principalmente em épocas de amadurecimento de frutas, mas também em outras ocasiões como a piracema, a época de desova dos peixes que subiram os rios em grandes quantidades. São ocasiões em que parentes e cunhados se juntam para beber caxiri (ou de mandioca ou de frutas como pupunha) e dançar. Nessas ocasiões alegres, quaisquer conflitos que existam entre cunhados, por exemplo, podem ser contornados.

Existe uma grande variedade de pudali: Mawakuápan, a dança com apitos mawaku, feitos de pedaços de cana de açucar; Wethiriápan, celebradas na época da fruta ingá; Heemápana, quando os participantes tomam caapi (Banisteriopsis sp) e dançam com maracás; Aaliapan, dança dos jaburus; Kapetheápan, dança com açoites, que é a festa de Kuwai, também chamada Kuwaiápan celebradas no início das chuvas; e Kuliriápan, a dança dos surubi- talvez a mais famosa dos pudali Baniwa, quando são fabricadas as flautas surubí em grande quantidade. As flautas são feitas de paxiúba, com cestaria em formato do peixe surubí, pintadas de marrom e branco, e ornamentadas com penas de garça. Ainda hoje, algumas comunidades do alto Aiary fazem essa flauta e realizam a dança. É a flauta e dança que mais distinguem os Baniwa de outros povos da região.

Além dessas danças, os Baniwa - pelo menos os do Aiary até o início do século XX - dançam com máscaras, chamadas hiwidaropathi, que representam diversos espíritos e animais. Koch-Grünberg fotografou essas danças entre as comunidades do alto Aiary no início do século, além de vários instrumentos (flautas) e ornamentos (acangataras, braceleiros, tornozeleiros), os quais já não se vê mais.

Em relação ao xamanismo, há duas categorias principais de xamãs: os donos-de-canto (malikai-iminali) e os pajés (maliiri). Os pajés podem ser cantadores e vice-versa, mas há diferenças na formação, curas e saberes que cada um domina. Os pajés "chupam" (extraem por sucção objetos patogênicos de seus pacientes), enquanto os donos-de-canto "sopram", ou, como eles dizem, "rezam" (cantam ou recitam fórmulas com tabaco sobre ervas e plantas medicinais a serem consumidas pelos pacientes). Somente os pajés usam maracás em seus cantos e danças e o pó sagrado pariká nas suas curas, o qual os leva a um estado de transe. Para os donos-de-cantos, o tabaco e uma cuia d´água são os instrumentos principais. Tanto os pajés como os donos-de-canto têm um extenso conhecimento das plantas medicinais utilizadas nas curas.

Grande parte do poder dos pajés fundamenta-se em seu conhecimento extenso e na compreensão da mitologia e cosmologia, assim como o conhecimento detalhado e sistemático das fontes múltiplas de doenças e suas curas. Através de seu papel de mediador entre os aflitos e os espíritos e divindades do panteão baniwa, os pajés curam, aconselham e orientam o povo, desempenhando assim um dos serviços mais vitais para a saúde e bem-estar contínuo da comunidade. Acredita-se que os pajés 'de verdade' podem se transformar em vários animais poderosos, notadamente o jaguar, e nas próprias divindades. Normalmente, os pajés realizam suas curas em grupos de três ou quatro, com um líder guiando os cantos e ações rituais.

Já os donos-de-canto se valem principalmente de cantos, acompanhados por sopros de tabaco sobre matéria médica (como plantas medicinais). Os velhos, principalmente, são os que cantam ou recitam essas fórmulas para várias tarefas: proteção contra doenças, cura e alívio da dor, ou então para chamar os animais de caça e peixe, para fazer as roças crescerem, entre outras atividades. Os velhos mais instruídos sabem também os cânticos especiais, chamados Kalidzamai, entoados durante os ritos de passagem (nascimento, iniciação e morte). Esses cânticos representam um saber altamente especializado e esotérico das dimensões horizontais e verticais do cosmos e das classes do ser. Essa é a atividade mais sagrada e poderosa de todas as conhecidas pelos donos-de cantos.

Nas décadas de 1950 e 60, graves conflitos religiosos eclodiram nas comunidades baniwa como resultado da evangelização dos protestantes e católicos, introduzindo uma dimensão de tensão antes inexistente entre os especialistas religiosos. As comunidades protestantes, sobretudo, praticamente perderam todos os seus pajés, junto com o culto de flautas e rezadores Kalidzamai. Somente os donos-de-canto menos importantes conseguiram continuar sua prática e conhecimentos sem perseguição. A intolerância dos protestantes provocou uma crise espiritual entre os donos-de-cantos, muitos dos quais alegaram que uma "doença" fez com que eles esquecessem sua arte. Alguns pastores mais radicais, aliás, fizeram campanha contra os pajés do Rio Aiary, o único lugar na área Baniwa onde a pajelança ainda é praticada. Hoje, a instituição está em franco declínio, com apenas meia-dúzia de pajés em todo o território Baniwa no Brasil.

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