A primeira menção aos Jamamadi em uma fonte histórica foi feita, em 1845, pelo militar João Henrique Matos, que faz referência a "muitas malocas". Naquela época, alguns Jamamadi já trabalhavam como mão-de-obra para o comerciante Manoel Urbano da Encarnação, que controlava a exploração das "drogas do sertão" no médio Purus. O naturalista francês Castelnau também viu "Jamaris" em 1847.

A expedição de Serafim da Silva Salgado encontrou, em 1852, 400 Jamamadi na foz do igarapé Macuiany e mais de 100 na foz do igarapé Euacá. Manoel Urbano da Encarnação encontrou mais duas malocas por ocasião de sua expedição de 1861 e descreveu os Jamamadi como vizinhos dos Apurinã, sendo numerosos e muito inclinados à lavoura e à caça.

O alvo do esforço missionário dos franciscanos italianos Venâncio Zilocchi e Matteo Canioni, em 1877, foi primariamente atrair grupos Jamamadi para a missão Imaculada Conceição no Rio Purus, situada à margem esquerda do igarapé Mamoriazinho. Os frades encontraram oito malocas abandonadas, cujos moradores tinham se refugiado na nascente do rio Cainahã por causa da morte de duas mulheres, causada por um Apurinã. Canioni finalmente conseguiu atrair 50 Jamamadi, mas estes não queriam ficar na missão por medo dos Apurinã e por falta de alimentos. Numa tentativa posterior, os frades conseguiram inicialmente convencer outro grupo, que tinham encontrado subindo o Mamoriazinho, para descer à missão, mas estes Jamamadi voltaram à sua maloca depois de receber roupas e ferramentas, desestimulando os missionários a continuar o trabalho.

Chandless escreveu, em 1866, que os Jamamadi viviam exclusivamente na terra firme e nos igarapés, evitando o Purus, e que eles não tinham canoas, o que pode ser interpretado como um indício de que eles fossem um povo da terra firme há muito tempo. O seringalista Labre, fundador da cidade de Lábrea, também os descreveu, em 1872, como vivendo na terra firme. Segundo este autor, eles eram agricultores e não faziam comércio com outros povos, sendo medrosos e fugindo do contato com os brancos.

Apesar das tentativas de se manterem distantes dos brancos, os Jamamadi não foram poupados das vicissitudes da época e alguns grupos foram transformados em seringueiros ou fornecedores de produtos agrícolas, ou por integração paulatina no sistema de patronagem ou por usar diversas formas de violência direta.

O etnólogo americano Joseph Steere encontrou, no final do século XIX, grupos Jamamadi nas cabeceiras do Mamoriazinho, depois de passar por áreas com plantações desertas. Numa grande maloca abandonada, ele soube que, pouco tempo antes, os 130 moradores tinham sido acometidos por uma epidemia de sarampo trazida por um índio e que causou a morte de cerca de 100 índios.

Euclides da Cunha relatou, depois de visitar a região em 1904 e 1905, que no rio Inauini foi encontrado um acampamento de seringueiros peruanos que tinham a seu serviço 60 Jamamadi. Estes estavam presos num círculo formado por homens armados de rifles para evitar qualquer tentativa de fuga. Eles tinham sido aprisionados em sua maloca a muitas léguas dali e conduzidos ao seringal sob toda a sorte de violência. Alguns morreram na viagem, outros, ao chegar no acampamento.

No início do século XX, os Jamamadi passaram por quase extintos. O Posto Indígena Manauacá, do SPI (Serviço de Proteção aos Índios), no rio Teunini, foi criado para proteger os Jamamadi. Nos anos 1930, cerca de 85 Jamamadi moravam no posto, coletando látex e castanha-do-pará. Em 1943, o posto foi transferido para outro lugar, mas apenas 28 Jamamadi ficaram nele, até sua desativação em 1945.

Numa viagem de inspeção, Dorval de Magalhães visitou grupos indígenas no igarapé Duque, afluente do rio Mamoriá, onde encontrou 22 índios, entre os quais as mulheres eram Jamamadi e os homens Apurinã, que eram explorados pelo comerciante Manoel Bezerra de Araújo. Magalhães também registrou a presença de grupos Jamamadi no rio Piranha e no igarapé Curiá.

Nos anos 1940 a 60, os Jamamadi, como outros povos na região, foram vítimas de expedições de extermínio, em particular no Rio Pauini.

Um levantamento básico de assentamentos antigos e atuais na Terra Indígena Jarawara/Jamamadi/Kanamanti, realizado pelo autor em final de 2000, permite fazer uma avaliação preliminar das migrações dos últimos 60 a 80 anos. As regiões antigamente habitadas foram os igarapés Curiá, Curiazinho e Saburrum e, fora dos limites da atual Terra Indígena, os igarapés Apahá e Aripuanã e o rio Piranha. Durante várias décadas, as comunidades deslocaram-se cada vez mais para o sul, mas sempre evitaram a proximidade do Purus. Neste contexto, a aldeia de São Francisco, com a missão da SIL, representa, desde o final dos anos 60, um tipo de "aldeia bloqueadora" das migrações por sua grande atração.

Um marco histórico muito importante de que falam os Jamamadi foi uma série de epidemias que surgiu em meados do século XX e que parece ser a responsável por várias migrações em razão de seus impactos.

Quando Robert e Barbara Campbell chegaram àquela região em 1963, encontraram a população Jamamadi daquela terra reduzida a cerca de 80 pessoas, contando poucas crianças, num estado desolador. A partir de então, o quadro podia ser revertido completamente. A população atual é de cerca de cerca de 240 indivíduos.

Quanto às relações interétnicas atuais, é possível constatar que os Jamamadi continuam a evitar contato com os brancos, chamados jara. As relações com os Paumari são amigáveis, o que já não ocorre com os Jarawara, que às vezes são tensas.