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Os maiores problemas para a segurança dos limites das Terras Indígenas são invasões temporárias de ribeirinhos e madeireiras. Os invasores ribeirinhos geralmente caçam e pescam dentro das terras, mas até agora poucos tentaram fixar suas moradias dentro delas. As madeireiras costumam operar naquelas partes das Terras Indígenas menos vigiadas pelos Jamamadi e pouco controladas por eventuais

A população Jamamadi é atendida pelos postos da Funai em Lábrea, Pauini e Boca do Acre, mas a presença da Funai nas aldeias Jamamadi é esporádica, dependendo das condições de transporte para os funcionários do órgão. A presença de missionários dao SIL, no entanto, é permanente. Sua política é reduzir os contatos dos Jamamadi com a sociedade envolvente ao mínimo necessário e instruí-los apenas na língua indígena.

Os resultados desta política são ambíguos. Por um lado, os Jamamadi ficam menos expostos aos negócios fraudulentos dos regatões e sua situação de saúde melhorou consideravelmente nestas últimas décadas. Em contrapartida, é a missão que intervém, consciente ou inconscientemente, em muitos aspectos da cultura Jamamadi, substituindo a Funai em grande parte e por muito tempo.