Os Ka´apor surgiram como povo distinto há cerca de 300 anos, provavelmente na região entre os rios Tocantins e Xingu. Talvez por causa de conflitos com colonizadores luso-brasileiros e com outros povos nativos, iniciaram uma longa e lenta migração que os levou, nos idos de 1870, do Pará, através do rio Gurupi, ao Maranhão. Colonizadores brasileiros que atacaram e aniquilaram aldeias Ka'apor, por volta de 1900, ficaram surpresos ao descobrirem esplêndidos cocares de penas coloridas dentro de pequenos baús de cedro, que os sobreviventes, em fuga, teriam deixado para trás. Quando as autoridades brasileiras tentaram "pacificá-los" pela primeira vez, em 1911, os Ka'apor, como os Nambiquara no Mato Grosso, eram considerados um dos povos nativos mais hostis no país . Tal pacificação, tanto dos Ka'apor quanto dos karaí (não índios), ocorreu em 1928 e durou por quase 70 anos. Recentes invasões da terra dos Ka´apor pelos Karaí, entretanto, ocasionaram novas hostilidades e estão colocando a sobrevivência étnica dos Ka´apor novamente em risco.