Como vimos antes, os Katukina dividem-se em seis clãs: Varinawa, Kamanawa, Nainawa, Waninawa, Satanawa e Numanawa. Esses clãs organizam-se a partir de um princípio de unifiliação, mas, a esse respeito, os Katukina estão em desacordo: enquanto uns afirmam a matrilinearidade, outros afirmam a patrilinearidade.

Há um verdadeiro debate entre os Katukina para saberem qual é o princípio de unifiliação "correto". De um lado, estão os partidários da matrilinearidade, que se dizem mais fiéis ao passado. De outro, estão os adeptos da patrilinearidade, que chegam a reconhecer abertamente que houve uma inversão na regra de filiação nos anos recentes.

O que rege essa discussão é a idéia de que há um princípio "correto", "puro", que exprime a ordem tradicional. Aqueles que afirmam a filiação por linha materna buscam no passado o modelo desta ordem e através de genealogias inquestionáveis exprimem aquilo que julgam o ideal. Entretanto, aqueles que, agora, dizem que os Katukina são patrilineares também o fazem buscando este mesmo sentido de "pureza", de tradição. Mas, com um detalhe importante: o modelo é kaxinawá. Alguns Katukina dizem que, há aproximadamente quinze anos atrás, eles souberam que os Kaxinawá são patrilineares. Como já fazia algum tempo que ninguém sabia ao certo como viviam os "antigos", alguns destes katukina resolveram afirmar a patrilinearidade, do mesmo modo como os Kaxinawá. O pressuposto deste empréstimo é claro: se não há uma "regra" nativa consistente e inquestionável, ela pode ser encontrada noutro lugar.

A questão de saber qual é, afinal, o princípio de filiação às unidades katukina resulta então em aberto. Há um debate entre eles que mobiliza posições tão díspares quanto interessantes, pois têm em comum a afirmação de que perderam algo no contato com os brancos. Algo que só pode ser reposto voltando-se ao passado e a si mesmos, como querem os defensores da filiação em linha materna ou buscando entre outros pano o modelo que supostamente existia entre os Katukina, como afirmam aqueles que defendem a filiação em linha paterna.

Apesar de predominar a indefinição da regra de filiação, é possível definir as unidades internas que compõem a sociedade katukina como clãs, pois subjaz entre os Katukina a idéia que poderia ser chamada de "ancestralidade suposta" ou "presumida", ou seja, os Varinawa contemporâneos são tidos como descendentes dos antigos Varinawa, os Kamanawa dos antigos Kamanawa e assim por diante.

Talvez seja esclarecedor pensar em um "processo de clanificação" das auto-denominações katukina. Como vimos, quando os Katukina tomaram conhecimento da patrilinearidade kaxinawá, já havia entre eles um certo sentimento de perda da organização tradicional (normalmente creditada à influência dos valores ocidentais). Recorrendo a qualquer uma das formas de traçar a filiação (materna ou paterna), os Katukina reforçam simplesmente uma idéia de "ancestralidade", mas sem articulá-la diretamente com outros níveis da organização social (como ocorre com os Marúbo, por exemplo).