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O número de aldeias também aumentou. No início do século XX elas eram três. Quando Nimuendajú visitou os Krahô em 1930, uma delas já se havia dividido em duas: uma dirigida por Secundo e a outra por Bernardino. Julio Cezar Melatti contou seis aldeias em 1962; somente uma delas não tinha as casas dispostas em círculo: era a do Morro do Boi, então conduzida pelos filhos do já falecido Bernardino, com cônjuges e vizinhos regionais. Atualmente, elas são 18 ou 20, conforme informação do já citado Hélder Ferreira de Sousa, que não visitou todas elas. A divergência se deve ao fato de alguns líderes ligados à associação Càpej (ver adiante) terem estabelecido que um núcleo deve ter um mínimo de 70 habitantes para ser considerado aldeia, embora pelo menos um dos núcleos que eles tomam por aldeia não alcance esse número.

Nos dois últimos séculos os Krahô absorveram membros de várias outras etnias. Dentre os Timbira, incorporaram parte dos Põrekamekrá, que eles haviam combatido, em 1814; sobreviventes Kenkateyê da aldeia Chinela, do sul do Maranhão, destruída por fazendeiros em 1913; alguns migrantes Apinayé, depois de 1923; e alguns Apanyekrá, com cuja aldeia mantêm comunicação de longa data. Dentre os não-Timbira, alguns Xerente que procuraram abrigo junto aos Krahô devido a desavenças internas na primeira metade do século XX. Além disso, há indivíduos Krahô com ascendentes brancos ou negros.