No final do século XIX o etnólogo alemão Karl von den Steinen (1940) registrava entre os vários povos das margens do rio Culuene a existência dos Guikuru ou Puikuru ou Cuicutl. Steinen observava a dificuldade de representar na escrita um som particular, mas muito comum, das línguas carib alto-xinguanas, uma espécie de ‘g’ produzido com uma batida da úvula. Os Kuikuro hoje escrevem este som com ‘g’, mas os brancos se acostumaram a escrevê-lo com ‘r’.

A palavra ‘Kuikuro’ tem uma história. O nome que Steinen ouvia e tentava registrar era aquele de um grupo local que naquela época habitava a aldeia Kuhikugu, uma contração de kuhi ekugu, “kuhi verdadeiro”, à beira de uma lagoa com muitos peixes kuhi (Potamorraphis, fam. Belonidae). Os de Kuhikugu constituíram a primeira aldeia de um novo grupo local, que se separou dos outros grupos locais carib do Alto Xingu em meados do século XIX; foram eles os fundadores de um povo que os brancos chamam até hoje de Kuikuro. A deformação do nome do antigo Kuhikugu ótomo se cristalizou como sendo o nome coletivo dos seus descendentes e o sobrenome individual de cada um deles: para os brancos, Kuikuro.

A autodenominação é dada sempre pelo nome do local ou aldeia ao que se segue o termo ótomo, “donos ou mestres”. Assim, os atuais Kuikuro são Ipatse ótomo ou Ahukugi ótomo ou Lahatuá ótomo, “os donos de Ipatse, de Ahukugi ou de Lahatuá”, nomes das três aldeias hoje existentes. Muitos velhos, contudo, continuam usando a expressão Lahatuá ótomo, do nome da aldeia forçosamente abandonada após a epidemia de sarampo de 1954, que dizimou metade da sua população.