A pobreza da campinarana dominante, somada ao caráter encachoeirado dos rios, foi um dos obstáculos à expansão das frentes pioneiras portuguesas e espanholas, que disputavam a região já no século XVII, estabelecendo destacamentos militares em alguns pontos do rio Negro, de onde os nativos apresados eram "descidos" para os centros urbanos emergentes (Barcelos, Manaus e Belém). A partir do século XVIII, intensificam-se os "descimentos", de modo que mesmo os Maku, em seus recônditos territórios interfluviais, tiveram alguns de seus efetivos apresados como escravos. Mas a análise dos documentos coloniais permite afirmar que dentre os indígenas da região eles foram os menos atingidos pelos "descimentos" ou pelas violências decorrentes do ciclo da borracha, ao final do século seguinte. O ciclo da borracha, aliás, foi possivelmente um dos motivos da adoção de práticas agrícolas pelos Maku: refugiando-se nos terrenos interfluviais para escapar ao apresamento praticado pelos seringueiros, os Tukano passaram a conviver mais intensamente com os Maku, ensinando-lhes a agricultura da mandioca, bem como uma série de itens da cultura material e espiritual de que trataremos adiante.

Em 1914, em pleno período de estagnação econômica decorrente da débacle da borracha, entram em cena os missionários salesianos, uma ordem católica voltada para a educação. Eles obtiveram a adesão de todos os índios ribeirinhos do lado brasileiro, porém encontraram muita resistência por parte dos Maku, que se recusavam a enviar suas crianças aos internatos nos centros missionários. Nos anos 1970, os salesianos tentaram algumas experiências de povoados-missão exclusivamente Maku (ver adiante). O garimpo aurífero - que se desenvolveu na região entre meados da década de 1980 e o início dos anos 1990, época em que o movimento indígena conseguiu expulsar os invasores com o apoio do Ministério Público e a força da Polícia Federal - pouco afetou os Maku, pois era praticado no mais das vezes em terreno ribeirinho. O único garimpo de terra firme, no extremo sul da TI Alto Rio Negro, foi abandonado já em 1986 pela empresa mineradora Paranapanema, em função da baixa produtividade; com a intensificação do movimento indígena no início dos anos 1990, o ouro passou a ser explorado exclusivamente pelos índios.