Logo após os primeiros reconhecimentos efetivados pela FUNAI na região surgiu a idéia da criação de um Parque Indígena do Javari, que abrangeria as terras de vários povos indígenas, inclusive a dos Marúbo. Incorporando boa parte das terras irrigadas pelos afluentes da margem direita do Javari, além do alto Jandiatuba e do alto Jutaí, a proposta de Parque desde cedo enfrentou a oposição dos políticos, comerciantes e empresas madeireiras dos municípios de Atalaia do Norte e de Benjamin Constant, porque se instalaria na maior parte das terras sob jurisdição do primeiro, impedindo a extração de borracha e madeira que tem por principal base de apoio a sede do segundo. Por ser área de fronteira internacional, a proposta também é vista com desconfiança por militares. Vários grupos de trabalhos em diferentes momentos fizeram levantamentos na área, até que finalmente o Presidente da FUNAI, em 1998, como já foi dito, aprovou o "Resumo do Relatório de Identificação e Delimitação da Terra Indígena Vale do Javari".

A Missão Novas Tribos do Brasil, que atua entre os Marúbo desde a década de 1950, mantém uma sede num local que denominou Vida Nova, apoiada por um campo de pouso, no alto Ituí, onde, além de promover a pregação nos cultos dominicais realizados em rodízio nas malocas das vizinhanças, dispõe de uma enfermaria e uma escola bilíngüe para alfabetização, que atendem sobretudo aqueles índios que moram nas proximidades.

A Funai ocupou-se principalmente com os Marúbo do rio Curuçá, onde criou um posto, porém muito abaixo do lugar onde estavam instaladas suas malocas, o que estimulou uma parte de sua população a descer. Uma escola operou algum tempo por iniciativa de um funcionário; a enfermaria, nos anos 70, estava desativada.

Os Marúbo têm participado ativamente da mobilização desencadeada pelos índios do Javari nos anos 90. Em dezembro de 1990, os líderes marúbo, matsés, kanamarí e kulína (ou seja, das etnias há mais tempo em contato) presentes no I Encontro dos Povos Indígenas do Vale do Javari, reunido em Atalaia do Norte, criaram o Conselho Indígena do Vale do Javari (CIVAJA) para articular suas reivindicações relativas a terra, saúde, educação e projeto econômico alternativo junto aos órgãos governamentais. Essa entidade, que recebe o apoio da Pastoral Indigenista da Diocese do Alto Solimões e da Coordenação das Organizações Indígenas da Amazônia Brasileira (COIAB), promoveu a Iª, a IIª e a IIIª Assembléia Indígena do Vale do Javari, respectivamente em 1992 (no posto destinado aos Marúbo do rio Curuçá), 1995 (na aldeia Liberdade do alto Ituí, quando pela primeira vez participaram representantes matís) e 1997 (em aldeia marúbo do rio Curuçá). Se com essas assembléias articula diferentes etnias da região, com o I° Encontro sobre Demarcação, Madeira e Alternativas Econômicas no Vale do Javari, em Atalaia do Norte, em março de 1993, o CIVAJA as pôs em diálogo com prefeitos, vereadores, militares, empresários, sindicatos e associações da região. No sentido inverso, promoveu uma reunião apenas com líderes marúbo, em número de 38, na aldeia Maronal, no alto Curuçá, em janeiro de 1994.

Dentre os resultados alcançados decorrentes da ação do CIVAJA se contam: a operação do Exército, de julho de 1994 a março de 1995, no apresamento da madeira indevidamente extraída nos limites da área indígena interditada; a ocupação da sede da Administração Regional da Funai por duas vezes (em 1995 e 1997), motivada pela propensão de alguns funcionários a colocarem-se a favor dos madeireiros e desacreditarem os esforços indígenas por uma atuação autônoma; a presença da entidade Médicos sem Fronteiras (MSF), por dois anos, ao invés de oito meses, como fazem normalmente, atendendo desde 1995, sobretudo no combate à malária, e contribuindo com microscópios e motores de rabeta para facilitar o deslocamento dos agentes de saúde; a instalação de 16 aparelhos de radiofonia pela entidade Amigos da Terra, ligando diferentes pontos da área do Javari à sede do CIVAJA, em Atalaia do Norte, e a Cruzeiro do Sul, cidade muito freqüentada pelos Marúbo, para comércio e tratamento de saúde; a agilização da aprovação do relatório de identificação e delimitação de Terra do Javari já citado.