É pela mitologia que os Marúbo descrevem o Universo e contam como se formou. De um modo geral, os seres são sempre feitos de partes de outros seres, a começar pela superfície terrestre, composta de partes moles dos corpos de animais mortos, enrijecidas pelos seus ossos. Também a água dos rios e os seus peixes são feitos a partir de outros seres, bem como os vegetais da floresta. Do mesmo modo surgiram as plantas cultivadas, segundo um dos três diferentes mitos que contam sua origem. O Universo se compõe de várias camadas, as superiores chamadas céus e as inferiores, terras. É na terra que está acima das demais, a da Névoa, que vivem os seres humanos.

Os humanos têm várias almas, que, entretanto, podem resumir-se a duas: a da direita ou do coração e a da esquerda. Após a morte, a última fica vagando por esta camada, mas a outra é encaminhada para o Caminho da Névoa (Vei Vai), que percorre, passando por muitas provas ou perigos, aos quais não pode sucumbir, sob pena de aí ficar para sempre, até chegar ao lugar onde vivem as almas de membros de sua seção. Aí tem sua pele trocada por Roka (macaco parauacu), e passa a uma vida farta, saudável e feliz. O termo que designa o céu onde se faz essa troca é o mesmo aplicado ao parente a quem se dá o nome: shokó.

Os Marubo surgiram do chão, cada seção de um buraco diferente, estimulada por algo que acontecia na superfície: queda de folhas, penas, pingos de seiva. Isso aconteceu junto ao estuário mitológico aonde vão ter as águas dos rios que conhecem. Daí foram subindo ao lado do rio, até chegarem à região onde hoje vivem. Ao longo desse percurso foram aprendendo sua cultura: qual a pupunha comestível, qual a secreção de perereca mais apropriada para eliminar a preguiça e o panema, como ter relações sexuais, a proibição do incesto, os termos de parentesco, a maneira adulta de chorar, as plantas cultiváveis, os cânticos de cura, os nomes pessoais. No início os vivos podiam ir e vir por um caminho chamado Yové Vai até o Shoko Nai. Porém, uma mulher maltratada pelo marido conseguiu de certos espíritos o fechamento desse caminho e a abertura do Vei Vai. Isso acabou separando definitivamente os humanos comuns dos espíritos yové.