Pode-se dividir o contato dos Marúbo com os brancos em três fases. A primeira, a partir do final do século XIX, é marcada pelo contato com os peruanos que desciam os rios à procura do caucho, vegetal de terra firme que era derrubado para dele extraírem o látex, e com os brasileiros, que subiam os rios em busca da seringueira, árvore mais freqüente na várzea e, portanto, no baixo curso, que não era abatida, bastando fazer-lhe incisões no tronco para lhe coletarem a seiva. Parece ter sido um período de grande desorganização dos povos indígenas da bacia do Javari. Aplicava-se o sistema amazônico do aviamento, de adiantamento de artigos industrializados que deviam de ser pagos com produtos da floresta. Não era um comércio livre, pois cada rio era como que "propriedade" de um seringalista, que tinha junto a sua foz seu "barracão", isto é, seu armazém, seus funcionários administrativos e seguranças, que não permitiam aos seringueiros por aí passarem sem fazerem suas transações. Não eram apenas os índios os explorados: em 1900 o seringalista que dominava o rio Ituí reprimiu violentamente os seringueiros que dele tentavam fugir com a borracha. Integrantes da Missão Novas Tribos do Brasil, que começaram a trabalhar com os Marúbo em 1952, ainda encontraram entre eles notas de compras de 1906.

Entretanto, com a queda dos preços da borracha em 1912, a região começou a ser abandonada pelos empresários da borracha e pelos que para eles trabalhavam. Houve quem deixasse sua empresa para seu gerente, mas mesmo assim a retirada da população continuou. Apareceram aventureiros, que mantinham não somente o tipo de exploração até então imposta mas ainda acrescentavam a má fé nas relações com os índios. Até que os Marúbo se viram abandonados. Voltaram a viver isolados dos brancos, durante os anos 30 e 40. É provável que foi o tempo em que os Marúbo, então retraídos ao alto Curuçá, voltaram a se organizar, articulando os diferentes agregados de seções. Eles atribuem a João Tuxaua, falecido recentemente, a pregação e estabelecimento da paz no seio do povo marúbo. Foi essa a segunda fase da história do contato.

A terceira fase se inicia quando os Marúbo, na falta dos instrumentos de metal, que haviam se acabado, voltam a procurar os brancos, na direção sul, do rio Juruá. Estabelecem contato com o seringal de Boa Fé, na foz de seu afluente, o rio Ipixuna. Aí passam a trocar pélas de borracha e couros de animais silvestres por artigos industrializados. Essa relação atrai a Missão Novas Tribos do Brasil, que entre eles se estabelece.

Pouco mais tarde, madeireiros que subiam o Javari e seus afluentes também entram em contato com os Marúbo.

Como o transporte da madeira só podia ser feito rio-abaixo, como as pélas de borracha também eram mais comodamente transportadas em embarcação do que às costas, como os missionários acabaram por construir um campo de pouso junto ao rio Ituí e mantinham uma cantina, o contato com o Juruá perdeu o interesse, embora nunca tenha sido abandonado.

Se, por um lado, os Marúbo parecem ter resultado do apaziguamento e articulação dos remanescentes de alguns povos indígenas culturalmente semelhantes desorganizados pelo contato com os brancos, por outro, a mais conhecida das relações intertribais que mantiveram foi de caráter hostil com os Matsés, que, por volta de 1960 atacaram um pequeno grupo de indivíduos marúbo que procuravam ovos de tracajá nas praias do Curuçá, matando um homem e raptando três mulheres. Essa incursão provocou um revide dos Marúbo, que fizeram uma expedição que matou, asseguram, quatorze Matsés, com armas de fogo, pois já tinham restabelecido o contato com os brancos. Vários anos após terem sido os Matsés contatados pelos brancos, foi possível a duas das mulheres raptadas voltarem aos Marúbo, tendo a terceira provavelmente falecido.