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Os Nahukuá, como outros xinguanos de língua Karib, ocupam tradicionalmente a porção sudeste da região do Alto Xingu. Quando Karl von den Steinen esteve nessa área, em 1884 e 1887, os Nahukuá-Kalapalo-Kuikuro, então reconhecidos como um único povo, eram um dos grupos mais numerosos e estavam distribuídos em nove aldeias. Paul Ehrenreich, que acompanhou Von den Steinen em sua segunda expedição, afirma que uma aldeia Nahukuá localizava-se no rio Kurisevo e que, nessa mesma época, seis ou oito aldeias mais se distribuíam ao longo do rio Kuluene. A aldeia no Kurisevo era composta por 13 casas dispostas em um círculo em torno de uma casa de flautas masculina.

Entre 1900 e 1901, Max Schmidt realizou outra expedição às cabeceiras do Xingu, fornecendo novos dados sobre a cultura alto-xinguana. De modo superficial, ele menciona os Nahukuá como um dos poucos povos karib que habitava a margem meridional do rio Amazonas. Sua hipótese era a de que a maior parte deles havia migrado na direção do sudoeste da região das Guianas.

Entre 1947 e 49, Pedro de Lima fez quatro viagens descendo o Rio Xingu e aponta os Nahukuá na porção sudeste da área e em número drasticamente reduzido (28 pessoas). Posteriormente, já não possuíam mais aldeia própria. Nos anos 1960, com o encorajamento dos irmãos Villas Bôas, eles construíram uma nova aldeia, próxima a dos Kalapalo. Viveram nessa área por oito anos até que um assassinato atribuído à feitiçaria assustou-os e os levou a migrar. Entretanto, em 1977, estavam de volta à margem oriental do Kuluene, na lagoa Ipa, localizada a sudeste da aldeia kalapalo.

O Posto Indígena Leonardo Villas Bôas, localizado na porção setentrional do Alto-Xingu, agia como um pólo de atração dos habitantes das aldeias alto-xinguanas, representando uma área na qual todos os grupos podiam interagir e se relacionar confortavelmente e, portanto, minimizando a distância entre as aldeias. Atualmente, as viagens dos Nahukuá ao Posto ocorrem ao menos de dois em dois meses na estação seca. Visitas freqüentes familiarizam os Nahukuá com outros grupos e territórios.