O território tradicional dos Paumari, segundo fontes históricas, incluiu margens de rios, lagos e os próprios rios: no médio Purus até a boca do Rio Jacaré, na boca do Rio Tapauá e no Rio Ituxi.

Segundo autores como Rivet & Tastevin e Métraux, eles são descendentes de uma subdivisão dos antigos Purupuru, hoje desaparecidos, que habitavam, no século XVIII, a região da boca do Purus até a foz do Ituxi. Os últimos remanescentes dos Purupuru são mencionados em meados do século XIX entre o lago Jary (Panará-Mirim do Jary) e o rio Paraná-Pixuna, afluente direito do baixo Purus, e na boca do Ituxi. Outra subdivisão antiga dos Purupuru, os Juberi (Jubirí, Yuberí), foi localizada no baixo Tapauá, nas margens do lago Abonini e nas margens do médio Purus antes da boca do Mamoriá-Açu.

Os Paumari encontram-se em contato com os brancos há pelo menos dois séculos. Eles são mencionados em fontes históricas pela primeira vez em 1845. Naquela época, vários grupos já foram explorados na extração de "drogas do sertão" pelo comerciante Manoel Urbano da Encarnação, que controlava o médio Purus.

Em 1847, o naturalista francês Castelnau observou vários grupos paumari do Rio "Oiday" até o Rio Sepatini. Segundo este autor, eles viviam principalmente nas praias e não se dedicavam à agricultura. As habitações principais eram grupos de jangadas, com uma jangada por "família", e a comunicação entre elas era realizada por meio de pirogas. Também havia casas em terra firme. Os Paumari não usavam roupas, mas apenas pintura corporal.

Em 1862, o naturalista alemão Gustav Wallis notou a primeira "maloca" dos Paumari na foz do Rio Jacaré. No Rio Arimã, ele observou 600 Paumari e Juberi, reunidos por Manoel Urbano da Encarnação, fazendo um grande roçado e levantando uma capela, no lugar onde o Frei Pedro da Ceriana tencionara formar a missão.

As primeiras descrições científicas mais detalhadas dos Paumari são do viajante inglês Chandless, que os retrata como pacíficos e alegres, dedicando muito tempo aos cantos. Também os caracteriza como povo aquático, dando-se pouco à agricultura e plantando somente mandioca, macaxeira e banana, mas não produzindo farinha de mandioca, embora gostassem dela e procurassem obtê-la dos comerciantes. Eram bons pescadores e atiradores de flecha, com a qual matavam peixes e tartarugas, mas maus caçadores. A alimentação baseava-se em peixes e quelônios. Numa ocasião, Chandless observou mais de 60 canoas flutuando rio abaixo, à caça de tartarugas, indo em cada uma delas uma mulher remando e um homem de pé, na proa, à espreita do aparecimento de quelônios.

Segundo o mesmo autor, os Paumari viviam a maior parte da estação seca em bancos de areia, construindo "choupanas" de talos de palmeira, quando se demoravam por muito tempo, ou ranchos simples de folhas de palmeira, em forma semicilíndrica. Na época da enchente, no entanto, retiravam-se para os lagos, fazendo suas "choupanas" sobre jangadas ancoradas no meio dos lagos para evitar os insetos.

A própria cidade de Lábrea foi fundada em território Paumari. Estes foram explorados pelo "coronel" Labre, fundador do lugar, como produtores de borracha e fornecedores de peixes, tartarugas e ovos de quelônios. Na época do primeiro ciclo da borracha, as cidades na Amazônia foram iluminadas por lampiões que funcionavam com manteiga e óleo feitos de ovos de quelônios, o que explica o interesse no trabalho dos Paumari como fornecedores desse produto.

Depois das viagens do etnólogo americano Steere na região, entre 1873 e 1901, este descreveu os Paumari como reduzidos por epidemias a umas poucas centenas de indivíduos, levando uma vida nômade ao longo do Purus e vagando de seringal para seringal. E, finalmente, temos os textos do etnólogo alemão Ehrenreich, que localizou grupos nos seringais do Coronel Luiz Gomes, descrevendo-os como maltrapilhos e entregues ao alcoolismo.

No final do século XIX, os Paumari tinham perdido grande parte de seus territórios tradicionais de pesca e caça aos quelônios, porque as praias fluviais foram controladas e exploradas pelos donos dos seringais. Eles perambularam em pequenos grupos e passaram a ser considerados como os índios mais "vadios" da região. A palavra "Paumari" tornou-se naquela época um sinônimo de malandro e preguiçoso.

A despeito destes estereótipos negativos, não se sabe nada de expedições armadas contra os Paumari. Pelo contrário, parece que eles foram integrados no sistema de patronagem sem oferecer maiores resistências ostensivas. Sua mobilidade e sua inconsistência no trabalho talvez fossem suas manifestações específicas de resistência pacífica e sem confrontos.

Se já não se sabe muito sobre a etno-história Paumari do século XIX, as informações sobre ela tornam-se ainda mais raras no século XX. As relações interétnicas com a sociedade envolvente estão marcadas pelos estereótipos citados, que foram mantidos até hoje, e por dependências materiais e assistenciais dos "brancos", os quais são chamados jara. Os estereótipos negativos de serem preguiçosos e inconstantes com relação ao trabalho dificultam as relações econômicas e empregatícias, em particular no meio urbano.

As relações com outros povos indígenas geralmente são pacíficas, embora se possa observar tensões sérias nas relações com os Apurinã em questões de territorialidade, nos casos em que comunidades Paumari e Apurinã são vizinhas nas mesmas terras. Informantes Paumari nas aldeias Santa Rita e Crispinho, na terra Paumari do Lago Marahã, nos falaram que antigamente os Paumari tinham medo dos ataques dos Apurinã e sempre estavam prontos para pular na água e se esconder atrás das jangadas.