A agricultura é uma atividade central na vida dos Wajãpi. A abertura das clareiras condiciona a localização das habitações permanentes e o ritmo dos deslocamentos sazonais; o produto das plantações, de curto, médio e longo ciclo, contribuem em praticamente 50% dos alimentos consumidos pelo grupo.

Os trabalhos agrícolas são realizados segundo técnicas tradicionais de queima e coivara; o uso de machados de ferro, aos quais os Wajãpi do Amapari têm acesso regular há apenas 30 anos, modificou, segundo eles, o tamanho das clareiras, sem alterar, porém, o ritmo dos trabalhos agrícolas. Queimar e limpar as roças são atividades coletivas, nas quais um chefe de família é ajudado por outros membros da comunidade, num sistema de mutirão denominado pusirõ. Na roça, as espécies cultivadas são plantadas sem ordem aparente. Há uma nítida ênfase para a mandioca brava, cujos sub-produtos -farinha, beiju, tapioca, tucupi e caxiri- constituem a base da alimentação.

Os outros produtos cultivados são o milho, a banana, o cará e a batata doce, cana de açúcar e frutas como caju, mamão, abacaxi, além da pimenta, amendoim e feijão. Os Wajãpi cultivam, ainda, o urucum, a cana para as flechas, o curauá, do qual obtêm fibras para cordas, o veneno de pesca, o algodão, cuias e cabaças. Para cada espécie, os Wajãpi possuem um número elevado de variedades: conhecem mais de quinze tipos de mandioca brava, dez tipos de batata, outros dez de cará, cinco de milho, etc...