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A história dos Wajãpi nos últimos 250 anos corresponde à expansão desse povo rumo ao norte, desde sua origem no baixo rio Xingu até sua instalação na área que ocupam hoje. Nos últimos 100 anos, essa migração os levou a abandonar os grandes eixos, como o rio Jari, para se instalar nas cabeceiras e nos afluentes dos rios Jari, Amapari e Oiapoque. Nestas regiões, experimentaram diferentes

Em 1973, os Wajãpi do Amapari foram "contatados" por uma equipe de atração da Funai que preparava, naquela região, os trabalhos de abertura da rodovia Perimetral Norte (BR 210). Quando os trabalhos de construção da estrada foram interrompidos em 1976, o trecho final já penetrava por mais de 30 km a área indígena. A estrada, aliada à uma fiscalização inadequada, abriu as terras dos Wajãpi aos invasores: inicialmente caçadores de peles, depois garimpeiros e, mais recentemente, interesses de empresas de mineração, atraídas pelas importantes jazidas de ouro, cassiterita, manganês e tântalo da região. Ao mesmo tempo, crescia a pressão nos limites da área, na medida em que as margens da Perimetral Norte vinham sendo ocupadas por serrarias, fazendas e garimpos, alimentados pelos centros urbanos próximos (Serra do Navio, a 90 km da área indígena, e Macapá, a 370 km).

A partir dos anos 80, os Wajãpi assumiram expulsar, sozinhos, os invasores de seu território. Ao mesmo tempo, deram início a várias atividades de controle territorial e de diversificação do extrativismo na área tradicionalmente ocupada.
As dificuldades de subsistência nas aldeias super povoadas e as mais atingidas pela proximidade da rodovia Perimetral Norte e, consequentemente, pelo esgotamento dos recursos naturais, fez com que muitas famílias voltassem aos sítios de ocupação tradicional, em zonas distantes dos Postos da Funai e das missões de fé (MNTB - Missão Novas Tribos do Brasil, SIL - Sociedade Internacional de Lingüística) que atuam na área, ou se dispersassem em pequenas aldeias situadas num raio de 5 a 20 km dos Postos. Atualmente, há 13 aldeias permanentes além de numerosos acampamentos dispersos em toda a extensão da área indígena.

Em 1990, o presidente da Funai (Fundação Nacional do Índio) interditou a Área Indígena Wajãpi, com 543.000 ha, nos municípios de Almerim, Mazagão e Macapá, no Amapá. Em 1994, iniciou-se, com apoio do governo alemão, no contexto do PPG-7 ( ), a autodemarcação da área indígena Wajãpi. Neste mesmo ano, foi fundado o Conselho das Aldeias Wajãpi, reunindo todos os chefes de famílias extensas, que escolheram sua diretoria . Esta associação é também denominada Apina, nome de um subgrupo da etnia lembrado pela sua valentia na guerra: eram os Wajãpi que "flechavam longe". Seus objetivos principais são garantir uma representação mais direta da comunidade junto às autoridades e buscar soluções para reorientar o relacionamento com as agências que atuam na área.