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Os Wajãpi ocupam, há mais de dois séculos, uma vasta área situada nos confins do Brasil e da Guiana Francesa, delimitada pelas bacias dos rios Jari, Oiapoque e Araguari. No lado brasileiro dividem-se em três subgrupos territoriais: o grupo do alto Jari/Cuc, o grupo "arredio" do alto Ipitinga e o grupo principal da região do Amapari.

O grupo do alto Jari dispersou-se entre os anos 1967 e 1981: a maioria migrou para a Guiana Francesa, habitando aldeias situadas à margem do rio Oiapoque, e outros foram transferidos pela Funai, em 1982, para o Parque Indígena do Tumucumaque. Somavam na época, 10 indivíduos.

Fora da TI Wajãpi, há notícias de dois subgrupos isolados da mesma etnia, que ocupariam, respectivamente, as cabeceiras dos rios Amapari e Anakui, no Amapá, e o alto rio Ipitinga, no Pará. São poucas as informações disponíveis sobre estes subgrupos. Em 1975 a Funai realizou um sobrevôo e localizou uma maloca grande com uma população estimada em 80 índios.

A região do Amapari é a área de concentração atual dos Wajãpi que vivem no Brasil. Corresponde à região delimitada a oeste pelo rio Inipiku (Mapari), ao sul, pelo rio Karapanaty (Aroã), afluente do baixo Inipuku, e, a leste, pelos igarapés Onça e Kumakary (Água Preta), afluentes do rio Felício, que desemboca no rio Amapari. Esta área inclui-se nos municípios de Mazagão e Macapá, no estado do Amapá.

Trata-se de uma área de floresta tropical densa, onde predominam pequenos cursos d'água, praticamente todos encachoeirados. A região é extremamente acidentada, formada por uma sucessão de colinas e alguns planaltos, situados nos contrafortes das serras do Iratapuru, Ipitinga e Tumucumaque. Os solos, predominantemente argilosos e arenosos, são ácidos, apresentando alto risco de erosão. O clima, de tipo equatorial, quente e úmido, oscila entre um período de chuvas, de janeiro a julho (inverno), e um de seca, de agosto a dezembro (verão). No Brasil, estão distribuídos em 13 aldeias na TI Wajãpi, recentemente demarcada.