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Foram as duas expedições do etnólogo alemão Karl von den Steinen, de 1884 e 1887, que deram aos brancos o conhecimento da existência dos povos indígenas dessa região. Partindo de Cuiabá e atravessando o rio Paranatinga, no divisor de águas Xingu-Tapajós, a equipe alcançou os Baikairi de Paranatinga e manteve breve contato com os Suyá na primeira viagem. Na segunda, subiu o Kurisevo e deteve-se entre os povos do Alto Xingu.

Depois de Stein, sucederam-se visitantes à região, como Hermann Meyer (que publicou escritos sobre a viagem em 1897, 1898, 1900), Hintermann (1925), Petrillo (1932) e Max Schmidt (1942). Tais expedições estimularam a procura por instrumentos de metal (como facas, tesouras, machados) e a disseminação de doenças contagiosas entre os xinguanos.

De um modo geral, os povos que habitavam a região mais ao sul do atual Parque não alteraram muito a sua posição desde os tempos de Steinen, com exceção dos Bakairi e dos Trumai, sem dizer daqueles que se extinguiram como grupo: Kustenau, Naravute, Tsuva e Aipatsé. Os Bakairi serviram de guias das primeiras expedições etnográficas, sendo por isso responsabilizados pelos alto-xinguanos pela introdução de moléstias e acusados de feitiçaria. Além disso, os Bakairi, que viviam em pelo menos oito aldeias na bacia xinguana, passaram a procurar instrumentos de metal junto a membros de seu povo fora dela, que viviam a sudeste (no Rio Paranatinga). Progressivamente, foram se fixando junto deles, num movimento estimulado pelo SPI com a criação de um posto em 1920, de modo que em 1923 se retiraram totalmente dos formadores do Xingu (Cf. Barros, 2001).

Os Trumai, por ocuparem o território compreendido entre os formadores do Rio Xingu e a região às margens deste rio, sofreram repetidos ataques de grupos que habitavam tais áreas, como os Suyá e os Ikpeng. O etnógrafo Karl Von den Steinen os encontrou já bastante fragilizados em 1884. Depois de habitarem em diferentes sítios, em uma história acidentada, hoje possuem quatro aldeias principais situadas a meio-caminho entre os postos Leonardo Villas-Bôas e Diauarum.

A área mais ao norte do Parque, a seu turno, estava no raio de ação dos Suyá, que tinham suas aldeias no rio Suiá-missu, afluente da margem direita do Xingu. Também nela começavam a se instalar os Yudjá, vindos do norte (Steinen, na sua descida do Xingu em 1884, encontrou-os no Pará, no trecho entre as cachoeiras de von Martius e de Piranhaquara). É provável que os Yudjá estivessem se deslocando havia mais de dois séculos desde as margens do Amazonas, das quais se afastaram pela pressão e perseguição dos colonizadores no final do século XIX.

Na primeira metade do século XX, os xinguanos continuaram a ser alcançados somente por terra, pelo sul. É também no sul que os índios procuraram os instrumentos de ferro, no posto instalado no Paranatinga. As expedições de pesquisa rareiam, mas é desse período o primeiro estudo voltado para um povo específico do Alto Xingu, os Trumai, que foram visitados pelo etnógrafo Buell Quain em 1938, o qual, entretanto, não completou a pesquisa e cujos dados, depois de sua morte, foram analisados e publicados por Robert Murphy.

Nesse período, os Suyá passaram por reveses que reduzem drasticamente sua população. Os Yudjá, ora aliados, ora adversários, armados por um seringalista, atacaram a aldeia suyá em algum momento após 1915. Tempos depois, durante uma coleta de pequi no local onde hoje está o Posto Diauarum, os Suyá sofreram um ataque dos Menkrãgnoti, do qual só escapam alguns homens, que ficaram praticamente sem mulheres. Em busca de parceiras, os Suyá atacaram então os Wauja, mas sofreram a retaliação deste povo, que promoveu uma expedição contra eles, com ajuda dos Mehinako, Trumai e Kamaiurá.

Em 1946, a FBC (Fundação Brasil Central), fruto da “Marcha para Oeste” promovida pelo regime do Estado Novo, começa a se instalar na região, iniciando a era dos irmãos Villas Bôas. Para Cláudio, Leonardo e Orlando Villas Bôas, os povos do Xingu representavam "índios de cultura pura”, que deveriam ser preservados das frentes de expansão econômica que estavam sendo inauguradas na região. Nesse sentido, iniciam, com o apoio de Marechal Rondon, do sanitarista Noel Nutels e do antropólogo Darcy Ribeiro, entre outros, e forte oposição do governo e dos fazendeiros de Mato Grosso, uma campanha para a demarcação das terras indígenas locais.

Nesse período, ergue-se uma base da Força Aérea Brasileira em Jacaré, no rio Kuluene, entre a foz do Kurisevo e do Batovi. São abertas as primeiras pistas de pouso nos formadores do Xingu e pesquisadores, funcionários da FBC, médicos, cinegrafistas, entre outros agentes, passam a entrar na área trazidos por aviões do Correio Aéreo Nacional. A via de acesso por terra, com passagem pelo Posto de Paranatinga, perde a importância. Antropólogos do Museu Nacional, como Eduardo Galvão e Pedro Lima, retomam a pesquisa etnológica. Também etnólogos estrangeiros voltam a pesquisar na área, como Robert Carneiro e Gertrude Dole entre os Kuikuro.

Ironicamente, apesar das facilidades que estavam sendo criadas, ocorre em 1954 um surto de sarampo que afeta todas as aldeias alto-xinguanas, provocando a morte de 114 pessoas. Dos cerca de 3.000 alto-xinguanos que havia no tempo de von den Steinen, a população chega a um de seus pontos mais baixos: 574 pessoas. Apesar dos esforços, as condições de saúde ainda continuavam precárias, tanto que o ponto mínimo da população alto-xinguana ocorre em 1965, quando desce a 542 pessoas (Cf. Heckenberger, 2001).

Se a região tinha sido até então ocupada por índios que migravam, não propriamente de modo espontâneo, mas forçados por condições adversas nas suas regiões de origem, agora passavam a ser buscados nas áreas vizinhas e transferidos para o Parque, caso representassem obstáculo à abertura de estradas e à colonização. Foi o que aconteceu com os Kaiabi, Ikpeng, Panará e Tapayuna, todos colocados na porção norte do Parque.

Os Kaiabi viviam na região regada pelos altos cursos dos formadores do Tapajós: o Juruena e o Teles Pires. Na bacia do Juruena, estavam no Alto Arinos e seu afluente, o Rio dos Peixes; na do Teles Pires, estavam no alto desse rio e no seu afluente, o Rio Verde. Fortemente pressionados por diferentes frentes de expansão desde as últimas décadas do século XIX, como a da extração da borracha, a do garimpo e a dos colonos agrícolas, viram-se estranhos em sua própria terra e sua população decresceu. Tendo entrado em contato com o pessoal da FBC, que avançava na direção de seu território pelo Rio Manitsauá-missu e que lhes dispensava bom tratamento, parte dos Kaiabi aceitou o convite para transferir-se para o Xingu. Sua transferência se deu em diferentes levas, em 1955, 1966 e 1970, e sua produção agrícola passou a abastecer os postos de Diauarum e Leonardo. Os missionários católicos de Diamantino, entretanto, se opuseram à migração dos Kaiabi para o Xingu. Assim, uma parte ficou em suas terras de origem, o que possibilitou o reconhecimento de uma Terra Indígena Kaiabi.

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Os Ikpeng (também conhecidos como Txikão) teriam feito parte de um conjunto étnico maior com os índios Arara. Tomando a direção do sul, teriam saído na primeira metade do século XIX do Rio Iriri, afluente do Baixo Xingu. Viveram depois na bacia do Teles Pires, nas vizinhanças dos Kaiabi, Panará e Apiaká. No final do século XIX, chegaram ao Rio Batovi, atacando os Wauja, Nahukwá e Mehinako. Alcançaram também os rios Paranatinga e Novo, mantendo-se nas proximidades dos Bakairi.

Em 1960, os Wauja e seus aliados atacaram os Ikpeng com armas de fogo e mataram doze homens. Além disso, metade da população ikpeng morreu em um surto de gripe. Os sobreviventes se refugiaram no alto rio Jatobá, afluente do Ronuro, onde os irmãos Villas Bôas os encontraram em 1964. Defrontados com a penetração garimpeira desse território, aceitaram transferir-se para o Parque em 1967. Levados para o Posto Leonardo, tiveram casamentos com os Wauja, Kamayurá e Mehinako. Em 1979, ergueram sua própria aldeia na parte central do Parque, entre os Trumai e os Kaiabi.

Outros dois povos, Tapaiuna e Panará (ambos da família lingüística Jê), também foram trazidos pelos sertanistas para dentro do Parque Indígena do Xingu, mas, depois de alguns anos, voltaram a se retirar. Os Panará reconquistaram parte de seu território tradicional, homologado como TI Paraná, e os Tapayuna mudaram-se em 1987 para as aldeias Metyktire e Kremoro, do povo Metyktire, na TI Capoto/Jarina, onde permancem.

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Desde a criação do Parque, em 1961, Orlando Villas Bôas ocupou a direção por 17 anos, estabelecendo um programa de assistência médica aos índios por meio de um convênio com a Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), existente até hoje. Tomou ainda uma série de medidas que procuraram impedir ao máximo o contato dos habitantes do PIX com o exterior, numa atuação controvertida, acusada por alguns de excessivamente paternalista, sobretudo pela transferência dos povos Kayabi, Ikpeng, Tapayuna e Panará para o Parque, como se este representasse a única opção para seu futuro.

O estabelecimento do posto indígena como mediador das relações entre as aldeias teve repercussões complexas, impondo um centro fixo ao um sistema descentralizado. Desencorajou as hostilidades entre os povos do Alto Xingu e as etnias ao norte do Parque, convertendo-se em um polo de referência política. Mas também interferiu na estrura de poder interno às aldeias, ao promover uma nova categoria social: aquele que protagoniza a mediação entre o grupo e o posto (e os brancos em geral, uma vez que o posto também se constitui no centro de "redistribuição" dos visitantes). Os que passam a ocupar esse papel não necessariamente coincidiam com o de líder da aldeia. Houve assim uma tendência à duplicação das posições de controle e mediação, sendo que os mediadores aldeia/posto recebiam mais apoio da administração, pois possuíam maior domínio da língua portuguesa e maior facilidade de adaptação às novas condições, entre outros fatores (Cf. Castro, 1977).

De todo modo, a gestão da FBC possibilitou uma assistência diferente daquela proporcionada aos demais povos indígenas no Brasil, orientada com um forte componente pessoal e apoiada no prestígio que haviam angariado junto à sociedade nacional, ao conseguir manter o Parque relativamente isolado das influências que costumam alterar com rapidez as culturas indígenas e das invasões que os põem numa situação de dependência. Promoveu assim uma postura mais respeitosa do restante da sociedade aos índios do PIX, diferente do que ocorria em outras partes do país e do mundo.