Desde o século XVII, os Xipaya foram perseguidos pelos colonizadores e forçados a trabalhar na empresa extrativista. Foram aldeados na Missão Tauaquara, na região em que posteriormente cresceu a cidade de Altamira, onde sempre foram marginalizados e tiveram negados seus direitos indígenas. Hoje estão distribuídos entre esta cidade e as aldeias, e lutam por seus direitos territoriais e de cidadania.