O primeiro contato historicamente registrado dos Yawalapiti com não indígenas ocorreu em 1887, quando foram visitados pela expedição de Karl von den Steinen. Nesse período, estavam localizados no alto curso do rio Tuatuari, numa região entre lagoas e pântanos identificada pelos Yawalapiti como sítio de muitas de suas aldeias. O etnólogo alemão ficou impressionado com a pobreza desses índios, que mal dispunham de alimento para oferecer aos visitantes; os Yawalapiti identificam essa época como o início de sua decadência como grupo, que iria culminar na dissolução da aldeia na década de 1930. Von den Steinen menciona dois chefes yawalapiti, Mapukayaka e Moritona (possivelmente Aritana), nomes ainda hoje presentes na genealogia desse povo, que é capaz de traçar sua ascendência até esses contemporâneos de von den Steinen.

Os Yawalapiti contam ter saído da "aldeia dos tucuns", próximo à confluência dos rios Kuluene e Batovi, devido a ataques dos Manitsawá - ou, dizem alguns, dos Trumai - que dizimaram muitos dos seus. Tatîwãlu, chefe dessa aldeia e mais remoto ancestral histórico dos Yawalapiti, lá morreu. Seu irmão Waripirá e seu "primo cruzado" (italuñiri) Yanumaka vieram subindo o Kuluene, liderando os Yawalapiti restantes. Na boca do Tuatuari, houve a divisão do grupo: Yanumaka seguiu pelo Tuatuari acima e Waripirá foi até as cabeceiras do Kuluene. O grupo de Yanumaka estabeleceu-se em Yakunipi, primeira aldeia dos atuais Yawalapiti.

Em razão do crescimento populacional, os Yawalapiti de Yakunipi abriram outras aldeias na região conhecida por Puía ("Lagoa"), um triângulo de terras altas entre lagoas e buritizais alimentados por um braço do Twatwarí. A maior aldeia aí foi a de Ukú-píti ("aldeia das flechas"), antigo sítio Mehinako, abandonado por estes devido a espíritos que infestavam as lagoas e roubavam crianças.

Na metade da década de 1940, após terem ocupado o sítio de Palusáya-píti (anteriormente associado aos Mehinako), os Yawalapiti sofreram uma séria crise, que levou a uma dispersão temporária de sua população entre aldeias kuikuro, mehinako e kamaiurá. Na época da chegada dos Villas Bôas à região, os Yawalapiti reconstruíram sua aldeia, reorganizando-se como grupo. Entre 1948 e 1950, reorganizaram-se no antigo sítio das lagoas (Puía), de onde saíram (por sugestão dos Villas Bôas) no início dos anos 1960, transferindo-se então para Emakapúku, perto do Posto Leonardo. Atualmente, na aldeia, além do núcleo "original" Yawalapiti, vivem índios kamaiurá e kuikuro, kalapalo, wauja e mehinako.