Como seus vizinhos do Rio Uaupés, os Baniwa vivem atualmente às margens dos rios principais, mas contam que seus antepassados não viviam tão próximos aos rios e construíam suas malocas em geral nas cabeceiras dos principais igarapés. Até os dias de hoje, os Baniwa apontam antigos lugares de moradia atualmente desabitados. Muitos dos velhos dizem que ainda chegaram a ver esteios em pé em alguns desses lugares, restos das velhas malocas dos antigos. Na região do Alto Içana, uma antiga e importante maloca localizava-se na cabeceira do igarapé Pamari, uma área ocupada desde antigamente pela fratria Walipere-dakenai (ou Siuci em língua geral), que significa "netos das cinco estrelas" (a constelação das Plêiades). Dizem os Walipere-dakenai que ali foi a moradia de seu primeiro líder, Vetutali (ou Wetsudali), um poderoso guerreiro antepassado de todos os Walipere-dakenai atuais. Conta-se que, no tempo da escravidão, Vetutali e muitos outros Baniwa foram levados como escravos pelos portugueses. Quando o navio que o levava prisioneiro já baixava pelo Rio Negro, Vetutali e um companheiro Hohodene atiraram-se na água e conseguiram escapar, retornando então para o Içana.

Assim como os Walipere-dakenai, os Hohodene falam de um líder antepassado chamado Keruaminali, que também fora levado pelos brancos, tendo permanecido por algum tempo em Barcelos até conseguir fugir e retornar ao Içana. Como Vetutali, Keruaminali, ao regressar à sua terra, foi morar nas cabeceiras de um igarapé, o Uaraná, afluente do Rio Aiari. Os Walipere-dakenai passaram então a ocupar uma grande extensão de terras, delimitada ao sul pelo Rio Içana, entre a boca do Pamari até as imediações da atual aldeia de Tamanduá. Ao norte, os limites deste território alcançam o Rio Cuiari, já na Colômbia. Os Hohodene se estabeleceram na região interfluvial Içana/Aiari, mais precisamente nas cabeceiras dos igarapés Quiari, Uirauassu e Uaraná. Alguns Walipere-dakenai foram morar próximo aos Hohodene e desde então há muitos casamentos entre os dois grupos. De acordo com os Hohodene e os Walipere-dakenai, a fuga e o retorno desses dois líderes marcam um momento importante de sua história, pois é quando o Içana volta a ser repovoado após um esvaziamento quase absoluto, resultante do tempo da escravidão e descimentos.

Com o tempo e a influência de missionários, militares, e comerciantes brancos, os Baniwa foram progressivamente se transferindo de suas antigas malocas, no interior da mata, para as margens do Içana. A população baniwa cresceu muito e os Walipere-dakenai, por exemplo, se espalharam por todo rio. Os Hohodene desceram o Quiari e ocuparam toda a extensão do Rio Aiari. Há comunidades baniwa que se estabeleceram em tempos mais recentes até no Rio Negro, abaixo de São Gabriel da Cachoeira. Alguns Walipere-dakenai e Hohodene estão morando nas proximidades de Barcelos. Mesmo assim, a área acima descrita continua a ser seu território por excelência, reconhecido pelo conjunto dos grupos baniwa.