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Existem pelo menos 16 diferentes línguas classificadas como Tukano Oriental. No Brasil, seus falantes habitam toda a bacia do Rio Uaupés e, em grande parte dessas populações, ocorre uma convergência entre as regras exogâmicas e os grupos lingüísticos, de tal modo que os grupos afins (com os quais se pode casar) são falantes de outras línguas. Tal dinâmica resulta em um multilingüismo característico da região, em que numa mesma comunidade muitas vezes se fala mais de uma língua indígena, além do Português e do Espanhol. Algumas etnias, ou parte delas, deixaram de falar suas línguas de origem, adotando outros idiomas indígenas. Tal é o caso dos Tariana do Uaupés, originalmente falantes de uma língua aruak, mas que atualmente falam Tukano; ou dos Tukano que foram para o Médio Rio Negro e adotaram o Nheengatu.

A principal língua da família Tukano Oriental é o Tukano propriamente dito. Ela é usada não só pelos Tukano, mas também pelos outros grupos do Uaupés brasileiro e em seus afluentes Tiquié e Papuri. Na medida em que há várias línguas distintas, o Tukano passou a ser empregado como língua franca, permitindo a comunicação entre povos com línguas paternas bem diferenciadas e, em muitos casos, não compreensíveis entre si. Em alguns contextos, o Tukano passou a ser mais usado do que as próprias línguas locais.

As outras línguas dessa família são faladas por populações menores, predominando em regiões mais limitadas. É o caso do Kotiria e Kubeo no Alto Uaupés, acima de Iauareté; do Pira-tapuya do Médio Papuri; do Tuyuka e Bará do Alto Tiquié; e do Desana de comunidades localizadas no Tiquié, Papuri e afluentes.

Os Aruak são representados principalmente pelos Baniwa, Kuripako, Baré, Warekena e Tariana. Os últimos, como mencionado, falam principalmente o Tukano, em consequência do convívio de séculos com os povos Tukano no Médio Uaupés. Os Baré também não falam mais sua língua original. Em decorrência do contato com missionários e a colonização, adotaram a Língua Geral (o Nheengatu). Forma simplificada do Tupi antigo, o Nheengatu foi adaptado e amplamente difundido pelos primeiros missionários jesuítas. Atualmente, esta língua representa uma marca de sua identidade cultural.

A designação Maku se refere a seis línguas distintas de povos que ocupam o território mais extenso do Alto Rio Negro, estando os grupos falantes de quatro dessas línguas no Brasil. A família lingüística Maku nada tem a ver com as famílias tukano ou aruak, se excetuarmos alguns evidentes e poucos empréstimos. Praticamente todos os Maku são falantes de suas línguas. Devido à proximidade dos Tukano, os Maku da área do Uaupés também dominam línguas tukano, dando curso ao multilingüismo da região.