As etnias presentes na bacia do Uaupés são as seguintes:

1) Arapaso. Etnia de origem tukano oriental que atualmente fala apenas a língua tukano. Vivem no Médio Uaupés, abaixo de Iauareté, em povoados como Loiro, Paraná Jucá e São Francisco. Várias famílias também moram no Rio Negro e em São Gabriel.

2 ) Bará. Autodenominam-se Waípinõmakã. Habitam principalmente as cabeceiras do Rio Tiquié, acima do povoado de Trinidad, já na Colômbia; o Alto Igarapé Inambú (afluente do Papuri) e o Alto Colorado e Lobo (afluentes do Pira-Paraná). Dividem-se em cerca de oito sibs (grupos de descendentes de um ancestral comum que não podem casar entre si). São especialistas no preparo do aturá de turi, muito usado onde não são disponíveis os aturás de cipó maku. Também fabricam o carajuru. São hábeis ainda na confecção de canoas. Atualmente são os principais especialistas na fabricação dos adornos de plumas usados nas grandes cerimônias.

3) Barasana. Autodenominam-se Hanera. Vivem nos igarapés Tatu, Komeya, Colorado e Lobo, afluentes do Pira-Paraná, e no próprio Pira-Paraná, em território colombiano. Também encontram-se dispersos na bacia do Uaupés, no Brasil. Registram-se 36 subdivisões nomeadas.

4) Desana. Autodenominam-se Umukomasã. Habitam principalmente o Rio Tiquié e seus afluentes Cucura, Umari e Castanha; o Rio Papuri (especialmente em Piracuara e Monfort) e seus afluentes Turi e Urucu; além de trechos do Rio Uaupés e Negro (inclusive cidades da região). Existem aproximadamente 30 divisões entre os Desana, entre chefes, mestres de cerimônia, rezadores e ajudantes. Este número pode variar segundo a fonte. Os Desana são especialistas em certos tipos de cestos trançados, como apás grandes (balaios com aros internos de cipó) e cumatás.

5) Karapanã. Autodenominam-se Muteamasa, Ukopinõpõna. Vivem no caño Tí (afluente do Alto Vaupés) e Alto Papuri, na Colômbia. No Brasil, se encontram dispersos em alguns povoados do Tiquié e Negro. Tinham cerca de oito subdivisões, mas provavelmente apenas quatro delas deixaram descendentes.

6) Kubeo. Autodenominam-se Kubéwa ou Pamíwa. Possuem uma língua bem particular da família Tukano Oriental, sendo por isso algumas vezes classificada como Tukano Central. Em sua grande maioria, se encontram residindo em território colombiano, na região do Alto Uaupés, incluindo seus afluentes Querari, Cuduiari e Pirabatón. No Brasil, ocupam três povoados no Alto Uaupés e estão em pequeno número no Alto Aiari. Estão divididos em aproximadamente 30 sibs nomeados. Estes sibs, por sua vez, estão agrupados em três fratrias não nomeadas que funcionam como unidades para trocas matrimoniais; em outras palavras, ao contrário da maioria das outras etnias do Uaupés, os Kubeo costumam casar-se entre si, pessoas que falam a mesma língua. São especializados na fabricação das máscaras de tururi.

7) Makuna. Autodenominam-se Yeba-masã. Vivem principalmente no território vizinho da Colômbia, concentrando-se no Caño Komeya, afluente do Rio Pira-Paraná, no baixo curso deste rio, e no Baixo Apapóris. No Brasil, são encontrados no Alto Tiquié e nos seus afluentes, os igarapés Castanha e Onça. Estão divididos em cerca de 12 sibs. São especializados em zarabatanas e curare, são também hábeis fabricantes de canoas, além de fornecerem remos leves e muito bem acabados aos índios do Alto Tiquié.

8) Miriti-tapuya ou Buia-tapuya. Atualmente falam apenas a língua tukano. São habitantes tradicionais do Baixo e Médio Tiquié, destacando-se as comunidades de Iraiti, São Tomé, Vila Nova e Micura.

9) Pira-tapuya. Autodenominam-se Waíkana. Estão situados no Médio Papuri (nas proximidades de Teresita) e no Baixo Uaupés. Migraram e vivem também em localidades do Rio Negro e em São Gabriel.

10) Siriano. Autodenominam-se Siria-masã. Moram no Caño Paca e Caño Viña, afluentes do Alto Papuri, em território colombiano. No Brasil são encontrados dispersos em rios da bacia do Uaupés e no Rio Negro. Há informações referentes a 27 sibs siriano.

11) Taiwano, Eduria ou Erulia. Autodenominam-se Ukohinomasã. Habitam o Caño Piedra e Tatu, afluentes do Rio Pira-Paraná, e o Rio Cananari, afluente do Apapóris. Todas estas áreas estão situadas em território colombiano. Há informações que dão conta de oito subdivisões internas.

12) Tariana. Autodenominam-se Taliaseri. Diferentemente das outras etnias da bacia do Uaupés, a maioria dos Tariana adotaram o Tukano Oriental, mas falavam outrora uma língua pertencente à família Aruak, e algumas comunidades ainda a falam. Atualmente moram no Médio Uaupés, Baixo Papuri e Alto Iauiari. O centro do povoamento fica entre as cachoeiras de Iauareté e Periquito. São especializados em implementos de pesca como caiá, cacuri, matapi.

13) Tatuyo. Autodenominam-se Umerekopinõ. Habitam uma área situada na Colômbia: o Alto Rio Pira-Paraná, o Alto Tí e o Caño Japu. No Brasil, são representados sobretudo por mulheres casadas com homens de outras etnias. Existem cerca de oito subdivisões internas.

14) Tukano. Autodenominam-se Ye’pâ-masa ou Daséa. É a etnia mais numerosa da família lingüística Tukano Oriental. Concentram-se principalmente nos rios Tiquié, Papuri e Uaupés; mas também estão morando no Rio Negro, a jusante da foz do Uaupés, inclusive na cidade de São Gabriel. É possível que existam mais de 30 subdivisões entre os Tukano, cada qual com um nome e, idealmente, compondo um conjunto hierarquizado. Atualmente, com todas as dispersões ocorridas nos últimos séculos, as posições hierárquicas são razão de polêmicas e versões variadas. Os Tukano são fabricantes tradicionais do banco ritual, feito de madeira (sorva) e pintado, na parte do assento, com motivos geométricos semelhantes àqueles dos trançados. É um objeto muito valorizado, obrigatório nas cerimônias e rituais, onde se sentam os líderes, kumua (benzedores) e bayá (chefes de cerimônia).

15) Tuyuka. Autodenominam-se Dokapuara ou Utapinõmakãphõná. Estão concentrados principalmente no Alto Rio Tiquié, entre a Cachoeira Caruru e o povoado colombiano de Trinidad, incluindo os igarapés Onça, Cabari e Abiyú. Estão presentes também no trecho do Rio Papuri próximo à fronteira Brasil/Colômbia e em seu afluente Inambú. Possuem cerca de 15 sibs nomeados. São exímios construtores de canoas e, antigamente, eram especialistas na confecção de redes feitas de fibras de buriti. Também são especializados na confecção do cesto urupema, trançado de finíssimas talas de arumã, usado para coar sumo de frutos.

16) Kotiria. Autodenominam-se Kótiria. Predominam no Médio Uaupés, entre a cachoeira de Arara e Mitú. Entre Arara e Taracuá (do Alto Uaupés), os Kotiria são hegemônicos; acima daí, convivem em território onde a maioria é Kubeo. Há informações de que existem 25 divisões entre os Kotiria. Sua especialidade no âmbito das relações de troca interétnica é o preparo do carajuru, um pó corante feito com as folhas de um cipó, muito usado na confecção de artefatos rituais e na pintura do banco tukano, bem como para a pintura corporal. Também são hábeis cesteiros e produtores de objetos de tururi.

17) Yuruti. Autodenominam-se Yutabopinõ. Etnia de língua tukano oriental, ocupa o Alto Paca (afluente do Alto Papuri) e os caños Yi e Tui e áreas vizinhas do Vaupés onde estes igarapés desaguam (em território colombiano). Há informações que possuem nove sibs.

No Rio Uaupés e em seus afluentes existem atualmente mais de 200 povoados e sítios. Membros dessas etnias também estão presentes nas cidades da região, sobretudo em São Gabriel da Cachoeira, Santa Isabel e Barcelos. A seguir, é apresentada uma tabela com a estimativa populacional de cada etnia.